新生儿母乳喂养拉肚子可以通过一般治疗、药物治疗等方式进行治疗。
新生儿母乳喂养腹泻，通常多因母体饮食不当引起。母乳中含有大量的维生素和蛋白质以及微量元素，这些营养物质都是对宝宝健康非常重要的成分。因此，母乳喂养过程中，妈妈要特别注意饮食，不能随意食用，不然肯定会造成儿童消化功能紊乱，继而发生腹泻。因此在母乳充足时，就应该尽量保证孩子摄入足够的食物，这样才能有效预防婴儿拉肚子。症状严重者，可让宝宝吃妈咪爱或益生菌调理肠胃，那么，平时就应该让孩子喝更多的水，帮助减轻患儿疾病。
拉肚子通常需要停止母乳喂养。
如果在进行母乳喂养时出现了拉肚子的情况，通常是需要暂时停止母乳喂养的，特别是由于细菌感染而导致的拉肚子，以免引起宝宝腹泻，有的宝宝会因为吃了母乳而拉肚子。这时候建议妈妈们要多吃清淡的食物，多吃蔬菜和水果，同时还可以给孩子加入“妈咪爱”、“培非康”等微生态制剂来调理肠胃中的菌群。
一般来说，宝宝拉肚子母乳喂养要注意以下事项。
宝宝拉肚子母乳喂养多给宝宝多饮水，避免出现缺水的情况，如果出现了肠道炎症，需要在医生的指导下口服抗炎药物，可以缓解病情，平时家长多给宝宝做一些腹部的推拿。
家长应该让患儿注意休息，保持环境安静，饮食宜清淡、易消化、富含营养，适当到户外活动，加强体格锻炼，增加抗病能力。
不会影响到宝宝，可以继续母乳喂养。但是如果一些母亲是有比较严重的腹泻性疾病、感染性疾病，像细菌性痢疾或者是某些特殊的病毒感染，暂停母乳喂养，可以暂时进行人工喂养。
考虑是生理性腹泻，是未添加辅食引起的，添加辅食就会好转的。以吃菜泥，水果泥，如果是生理性腹泻，添加辅食就会逐渐好转的。也考虑是消化不良的情况，可以给宝宝服用益生菌进行治疗。
这有可能是有肚子受凉或者是有病毒感染引起的这种表现，注意观察，如果感觉症状比较明显，或者是宝宝有明显的脱水症状，应该及时去儿科进一步检查。查明原因然后用药。