皮下真菌病和全身性真菌病统称为深层真菌病。我国深部真菌病的发生率急剧上升，这与广谱抗生素、类固醇、免疫抑制剂、器官移植、导管手术、糖尿病、爱滋病等因素有关。可通过如下方式治疗：
1.临床上以念珠菌、隐球菌、曲霉菌等最多，治疗深部真菌性疾病首先要消除各种诱发因素；
2.其次要根据患者的具体情况选择不同的抗菌药物：两性霉素B是目前常用的治疗药物。
3.氟胞嘧啶、制霉菌素；咪康唑、酮康唑、克霉唑、氟康唑、伊曲康唑等药物都可用于治疗该疾病。
如果说现在有一些局部的起水泡，那么这种很有可能属于是局部的真菌感染造成的。可以先局部的应用一些抗真菌的药物试试看。也不用太过紧张，如果担心的话，可以去医院的皮肤科系统地检查一下。
一般来说，龟头炎真菌感染可以通过以下方法进行治疗。
龟头炎真菌感染需要将患处洗净之后，涂抹杀菌抗炎的药物来进行治疗。还可以将洗过的内裤放在太阳下面暴晒，也可以有效杀菌。如果症状得不到改善，患者需要及时去往医院进行诊断治疗。
建议患者在治疗期间避免发生性生活，并且保持局部的卫生干净，穿的内裤也要以纯棉材质为主。
真菌性包皮龟头炎是导致阴茎真菌感染的主要原因。1.每天清洗两次包皮，可以使用温开水或复方黄柏液、红核妇洁洗液等中药洗剂。2.局部使用达克宁乳膏、贝雷松软膏等抗真菌药。每天清洁包皮空洞后，每天2次，均匀地涂在龟头和包皮内板上。3.在治疗过程中，尽量不要有性生活或者使用避孕套，性伙伴还应该进行霉菌性阴道炎的检查和治疗，避免反复的交叉感染。
阴茎真菌感染是一种常见的疾病，不是很严重。
该疾病发生在龟头冠状沟、包皮等部位。患者会表现为包皮、龟头等部位瘙痒、红肿、疼痛，伴有豆腐渣状的分泌物。
阴茎真菌感染可以用药物杀灭真菌，只要及时治疗，能有效地抑制真菌的生长，病情不会很严重。
目前临床上最常见的是口服抗真菌药和外用抗真菌药。常用的药物有氟康唑、伊曲康唑等。常用的有派瑞松软膏、酮康唑软膏等。另外，可以用1:5000高锰酸钾溶液来清洗阴茎，平时要经常更换内裤，注意个人卫生。
龟头真菌感染会传染。现在龟头感染真菌，如果性生活没有使用避孕套，是很容易感染给女朋友的，先治疗好真菌性龟头炎，然后再性生活，每次同房之前要翻开包皮来清洗。真菌性龟头炎可以口服抗真菌的药物。