手术均有风险，甲状腺囊肿手术相对危险程度较低，常见风险为手术中出血、感染、麻醉事故。
手术后可发生继发甲状腺功能减退，如上喉神经损伤、喉返神经损伤、甲状旁腺损伤等，手术综合评估病情，一般甲状腺囊肿不考虑手术治疗。如果生长快，可以考虑甲状腺穿刺抽取治疗的方法。一般提示甲状腺实性结节生长快，对周围组织有压迫，超声提示可能为恶性，考虑手术治疗，术后补充甲状腺激素。
一般情况下，甲状腺囊肿为甲状腺结节内良性病变，若甲状腺囊肿未对周围血管、气管造成压迫，且没有对颈部外观造成影响，则可不予手术，但需要定期复查以观察。
对于已经形成了较大肿块的患者来说，应该选择保守治疗方案，如果甲状腺囊肿影响颈部外观，或出现压迫周围脏器等症状，通常可考虑手术治疗，如在彩超指引下经皮甲状腺囊肿内穿刺、拔出甲状腺囊肿内液体等。
甲状腺囊肿不是必须手术。
甲状腺囊肿并不一定非做手术不可，疾病的处理方案以结节有无多发及结节的大小为标准，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。在临床上有一些特殊类型的甲状腺囊性结节应考虑到外科手术切除。甲状腺囊性结节，绝大部分为甲状腺之结节或腺瘤退变所致，囊肿中还含有血液及微混液体，与四周界限明显，纹理坚硬，通常无触痛，核素扫描为冷结节，少数病人为先天甲状腺舌骨囊肿。甲状腺囊性结节治疗需依据结节有无多发及结节尺寸，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。
一般来讲，甲状腺囊肿是否选择手术，要看囊肿的性质和囊肿的大小来决定。
如果经过初步检查，确定囊肿是良性的，没有影响到人体的身体健康。可以选择不用手术。如果囊肿直径小于1厘米可以也暂时观察，但需要每3个月到半年做一次彩超，观察变化。
如果囊性逐步增大，就需要手术切除。如果囊性有恶性的可能，患者需要注意的是，则无论囊肿大小，都需要手术治疗。
甲状腺囊肿手术一般不危险。
甲状腺囊肿为良性病变，小甲状腺囊肿可以观察，考虑可以不用手术。甲状腺囊肿较大，对气管、血管有压迫或影响颈部美观时，可考虑治疗手术。手术时，可单纯将甲状腺囊肿从甲状腺上剥离，进行甲状腺缝合。这个手术一般不危险。其危险因素包括甲状腺术后出血、气管塌陷、喉返神经损伤等，这些问题医生可以设法避免。
甲状腺囊肿一般大于3公分以上建议切除手术。
具体应该结合囊肿的性质和症状来决定。患甲状腺囊肿值得重视，首先经过彩色多普勒观察囊肿的具体情况。形态、血流无异常、体积不大、3厘米以内，检查甲功各项指标也在正常范围内，可先不切除，手术给予保守治疗，定期复查。经保守治疗仍不能得到有效控制时，囊肿生长速度快，出现吞咽障碍、呼吸困难、声嘶不适，并有恶变迹象时，应及时行手术切除，避免严重后果。