甲状腺孕期筛查是在怀孕期间有条件的孕妇进行甲状腺功能筛查，即筛查孕妇的甲状腺功能是否有问题。
因为如果出现甲状腺功能异常，如甲亢或甲减，可能会影响胎儿。怀孕时，甲状腺功能筛查通常通过抽血来做，主要是检测促甲状腺激素和游离甲状腺激素，以确定是否在正常范围内。如果在正常范围内，孕期只需要筛查一次。如果不在正常范围内，就要根据甲减或甲亢的情况选择一定的药物进行治疗。一般治疗期间每4-6周复查一次甲状腺功能，调整药物剂量。如果不治疗，可能会影响胎儿。如果女性甲状腺功能严重异常，需要咨询内分泌科。必要时，她要做甲状腺超声或其他辅助检查，尽量找出甲状腺功能异常的原因，有针对性地进行干预。
新生儿筛查甲状腺偏高，首先家长要积极送患儿去医院定期接受微量元素检测，仔细观察病情。
如果婴儿甲状腺激素高症状轻的人，为了避免病情恶化，可以在饮食上调整不摄入高热量、高蛋白、高碘的食物。症状严重时，患者可服用甲状腺激素抑制剂帮助治疗，必要时婴儿长大后可前往医院外科手术切除甲状腺帮助治疗。有些孩子在生后6个月逐渐会恢复到正常。
婴儿两病筛查通常是筛查先天性甲状腺功能减低症和苯丙酮尿症两种疾病，目前一般是通过采集出生后2-3天新生儿足跟血，制成干血滴纸片的方式来进行检测。先天性甲状腺功能减低症和苯丙酮尿症是我国常见的遗传代谢性疾病，早诊断、早治疗可避免神经系统、精神系统等系统发生严重的缺陷，进而减轻家庭和国家的负担，对提高出生人口素质、减轻出生缺陷、推动母婴保健和优生优育科学事业的发展有着肿大的意义。
甲状腺功能检查主要涵盖三个方面的检查。
第一、血常规，对甲状腺激素水平升高或降低作出最初步的判断，血液结果后出现甲状腺功能亢进或甲减，需检查病因。
第二，甲状腺彩色多普勒、甲状腺彩色多普勒在甲状腺疾病诊断中很有价值，可以详细说明甲状腺的大小、回声、结节、有无血流，对甲状腺疾病的病因诊断非常有帮助。
第三，甲状腺碘摄取率的检测，甲状腺功能检测在甲状腺功能检测或甲状腺功能检测中诊断价值较大，甲状腺功能检测碘摄取率上升，甲状腺功能检测一般需要完善以上三个主要检测。
这种检查主要是为了排除孩子日后得呆小症的可能，就是出孩子比同龄孩子长的小，同时智力还受严重影响，甲状腺激素减低是导致这种原因的主要原因：如果是自身导致的，就需要终身服用激素替代治疗了，就是外源补充甲状腺激素。
怀孕后孕妇和胎儿对甲状腺激素的需求量从怀孕6~8周开始增加，建议孕妇在怀孕6~8周进行甲状腺功能筛查，以评估孕妇甲状腺功能是否正常。
如果结果正常，定期进行产检。如果出现甲状腺功能亢进或减退，未经治疗，可能导致胎儿流产、先天性缺陷、智力发育迟缓等，导致孕早期晚期并发症发生率增加。这种情况需要加强孕期甲状腺功能监测，根据检测结果口服药物治疗，及时调整药量。