进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
痔疮的检查是不需要肠镜来检查的。肠镜是用来检查大肠和小肠的疾病。痔疮可以去肛肠科，肛门指诊就可以看出来。得了痔疮要多吃新鲜蔬菜水果，少吃辛辣刺激性食物，保持大便通畅。
肠镜检查直肠和结肠的有没有病况，如瘟疫和肠道肿瘤。它还可以治疗一些疾病，如息肉切除。注意休息，避免熬夜。这些后天疾病可以通过内镜观察，建议消化内科就诊预约。做好肠道准备，无渣饮食，检查当天自备糖块防止低血糖。
胃镜检查时，医生右手持镜前段将胃镜放入舌根部，此时病人进行吞咽动作，将胃镜送入食道，而后继续向下送镜子观察胃及十二指肠情况。肠镜是利用一条装有微型摄影机的纤维软管进行检查，其由肛门进入肠道，顺势观察肠腔情况。
包括了肛门检查。在全麻下进行，操作者将粗约两公分的肠镜，经过润滑之后，插进肛门。一直要到达回盲部，靠近阑尾的部位。然后缓慢退出，一边退出镜头，一边打气体。利于充分暴露周围组织。如果遇到粪便，需要积极的吸净，有利于观察。当退到乙状结肠，直肠后，还可以观察直肠，肛管以及内痔的情况。