甲状腺药物有抗甲状腺功能亢进症药物和甲状腺功能减退症治疗药物，抗甲状腺功能亢进症药物临床上主要有两种：甲泼尼龙和丙硫氧嘧啶。这两种药物最常见的不良反应是：
1、白细胞和粒细胞减少；
2、肝功能损害；
3、可出现皮疹、皮肤瘙痒、荨麻疹等；
4.出现罕见肌肉酸痛、血管炎等。所以在服用这类药物的过程中，要定期复查肝功能和血常规。治疗甲减的药物有左甲状腺激素钠，剂量增长过快或剂量过多可引起心悸、出汗等不适症状，长期大量使用可引起骨质疏松。
抗甲状腺药物治疗常见副作用有：
1、白细胞减少，严重患者可引起粒细胞缺乏。白细胞减少时，合并上升药物口服，定期复查血常规。发展为粒细胞缺乏，需停止抗甲状腺药物治疗，给予促进白细胞生成的药物。
2、肝功能损害、抗甲状腺药物可引起中毒性肝病，其中丙硫氧嘧啶最易导致丙转氨酶或谷丙转氨酶水平升高。给予抗甲状腺药物后，定期复查肝功能，必要时停用抗甲状腺药物，用保肝药物治疗。
3、出现皮疹后进行抗过敏药物治疗。皮疹严重时，可停止抗甲状腺药物治疗。患者口服抗甲状腺药物治疗出现严重不良反应，应考虑更换碘-131治疗或外科手术治疗。
甲状腺片的副作用有：
1、服药过量会出现甲状腺功能亢进症状，应维持合适剂量；
2、如果剂量过大，会引起钙吸收的影响，引起骨质疏松，服用大量甲状腺片时可以补充一些钙剂。但钙剂和甲状腺片必须间隔4小时以上，减少对其的影响；
3、量过大，血糖或多或少有影响，需要监测血糖；
4、小部分患者出现过敏反应，一般注意观察皮肤变化；
5、甲状腺激素片、含铁药和含铝药影响吸收。
甲状腺穿刺会有一些副作用。具体副作用如下：
1、可能会疼痛。甲状腺细针穿刺引起的疼痛虽然轻微，但由于一定的心理障碍，患者会感觉疼痛非常严重。
2、流血，侵入性细针穿刺可能导致出血。比如在进行甲状腺细针穿刺时，由于甲状腺组织比较脆弱、较薄，穿刺后可能容易出血，出血后也非常容易感染，所以这是临床上比较常见的副作用之一。
3、甲状腺细针穿刺的副作用也要考虑准确性。例如，小于1cm的甲状腺结节在穿刺时经常定位不准确，这可能导致错误或无法检查所需的病理结果。
术中，术后可引起相关副作用，如出血，神经以及血管损伤，发热反应，疼痛，发生几率低，可以对症处理。如术后适当使用止痛药，可缓解疼痛不适。给予动脉加压30分钟到两个小时，可以避免出血的发生。轻微发热反应，不需特殊治疗，2到3天可以自动消失。神经，血管损伤属于严重并发症，但手术操作规范，隔离液注射准确，一般均可避免发生。
甲状腺素片副作用是出现写症状或对一些过敏患者的过敏反应。
如果超过规定剂量、超过个人耐受剂量或服药过量，特别是治疗初期剂量增加过快，可能出现甲亢症状，如心动过速、心悸、心律失常、心绞痛、头痛、肌无力、痉挛、发热、呕吐、月经紊乱、震颤、失眠、多汗、体重减轻等。另一个副作用是对一些过敏患者的过敏反应。只要该片剂用于甲状腺功能减退的替代疗法、甲状腺切除术后、或用于治疗非毒性甲状腺肿等。并按规定剂量及时监测临床症状和实验室指甲指标，一般不会出现不良反应，但部分过敏患者可能出现过敏反应。如果剂量超过了个人的耐受剂量而过量，或者初始治疗剂量增加过快，就可能出现甲亢的症状。