根据患者甲状腺多发胶质囊肿的体积、大小、具体性质和患者是否伴有明显临床症状等因素，往往采取不同的处理方法。具体如下：
1、甲状腺多发胶质囊肿体积相对较小时，囊肿没有压迫局部神经血管或重要脏器。彩超提示囊肿边界清晰，回声均匀，无明显恶性肿瘤征象。可定期进行甲状腺彩超检查，仔细观察囊肿变化情况，暂时无需特殊处理。
2、甲状腺多发胶质囊肿体积大，压迫至患者喉返神经、气管、食管，患者出现一定程度的声嘶、呼吸困难，彩超检查提示囊肿纵横比大于1，且有明显血流信号等恶性肿瘤征象。此时多发性胶质囊肿病情较严重，需及时手术治疗。
甲状腺胶质囊肿，一般的甲状腺胶质囊肿属于良性增生，单纯的甲状腺胶质囊肿，不用担心，定期观察即可。一年观察一次就行，甲状腺胶质囊肿，它的生长速度非常缓慢，基本上，一年以内变化不会很大。当然，如果胶质囊肿数量比较多，比较大，还是及时的手术治疗。
较大的囊肿有可能出现压迫的症状，比如说压迫气管，可以出现呼吸困难，如果压迫食管可以造成吞咽困难，如果压迫到喉返神经，可以造成声音嘶哑，压迫喉上神经，可以引起饮水呛咳，部分甲状腺胶质囊肿如果出现了癌变，还会侵犯颈丛，引起剧烈的疼痛，并出现淋巴结的转移。
甲状腺胶质囊肿要紧，甲状腺囊肿是良性肿瘤，小的囊肿没有压迫症状不需要治疗，定期复查，大的囊肿，有压迫症状，如声音嘶哑、呼吸困难、吞咽困难等，需要手术切除，术后要定期查甲状腺功能。
甲状腺胶质囊肿是不严重的，这属于甲状腺的良性病变。如果病人的囊肿比较小，定期复查便可；但是需要注意的是，如果病人甲状腺胶质囊肿比较大，而且出现破裂出血，会造成病人出现颈部的疼痛和压迫症状，影响到病人的日常生活，这时候病人要进行手术切除，通过手术治疗。
甲状腺囊肿在常规的情况下是不会自行消失，而且会逐渐的随着时间延长而生长。多数囊肿可能在一定的时期伴随有出血而明显的增大，随着出血量的吸收，囊肿也可能会逐渐的缩小，极少有囊肿自行消失的情况存在。