宝宝扁桃体发炎咳嗽可以通过以下方法进行治疗：第一、如果单纯只是扁桃体发炎，刺激所引起的咳嗽，可以使用抗病毒药物治疗，如四季抗病毒合剂、小儿咽扁颗粒等。第二、如果在扁桃体发炎的同时，咳嗽有痰，甚至伴有喘息，可以应用抗生素治疗，如头孢克肟颗粒、氨溴索口服液等药物进行治疗。第三、要注意控制饮食规律，多吃新鲜的蔬菜水果，少吃辛辣刺激的食物。
扁桃体发炎，咳嗽有黄痰，很有可能是急性扁桃体炎并发急性的支气管炎，造成咳黄色的脓痰。治疗上主要是应用足量敏感类的抗生素，头孢菌素类的抗生素，可以根据病情的轻重程度决定给药的途径，如口服或者静脉注射。
扁桃体发炎，引起咳嗽严重的需要输液消炎治疗，同时配合雾化吸入抗炎止咳，稀释痰液利于咳出。同时可以给孩子做雾化，雾化的话，止咳效果的效果比较好，但具体的用药还需要遵循医嘱。
小孩扁桃体炎咳嗽是由于扁桃体中的某些炎症渗出过多而引起的，此外，扁桃体炎、肺炎、支气管炎、肺炎等并发症时，咳嗽的可能性更大，要结合自身的情况，制定相应的治疗方案。急性扁桃体炎是由细菌感染引起的，常见的有链球菌、葡萄球菌、流感嗜血杆菌等，可以选择一些敏感的抗生素进行抗感染治疗，比如大环内酯类的抗生素、青霉素类的抗生素、头孢类的抗生素。
可以在发作期时应用足量的抗菌素治疗，需要根据病情的严重程度，选择不同的给药方式，酌情的应用糖皮质激素，有利于控制感染和减轻水肿，也能够快速的消除疼痛的感觉。出现发音、吞咽功能障碍时，可以选择手术治疗，也是恢复方法。
很多小朋友在感冒后都会出现扁桃体肿大的情况，如果不及时处理，有可能变成扁桃体炎，所以应及时在医生的指导下进行抗炎治疗，并且要注意口腔卫生，饭前饭后漱口，可以多喝水，少吃辛辣刺激性的食物，并且适量吃一些降火的食物，这样也可以缓解病情。