如果不经过手术治疗，自然预期寿命非常短，总死亡率能够超过60%。其中50%均在出生后一个月内死亡，74%在出生半年内分型的不同导致了死亡率的不同：50%的A型单心室的平均在14岁之内死亡；而50%的C型单心室在死亡。所以如果能够早期发现，应该积极早期手术治疗。
通常来说，复杂先天性心脏病有左向右分流型先天性心脏病、右向左分流型先天性心脏病、无分流型先天性心脏病等。
通常来说，复杂先天性心脏病有左向右分流型先天性心脏病、右向左分流型先天性心脏病、无分流型先天性心脏病等。一种是左至右分流型，又称潜伏青紫色，是一种有血管导管没有闭合的畸形；二是右至左分支，亦称“青紫色”，其特征为主动脉全切及法莫四联症；三是不分流，又称无青紫色，以主动脉和肺动脉为主干和小血管为主。
通常情况下，最复杂的先天性心脏病是法洛四联症。具体情况分析如下：
法洛四联症是一种常见的先天性心脏畸形。其基本病理为室间隔缺损、肺动脉狭窄、主动脉骑跨和右心室肥厚。法洛四联症在儿童发绀型心脏畸形中居首位，治疗上面也比较困难，是由于4种畸形组合而组成的右心室流出道梗阻，室间隔缺损，右心室肥厚以及主动脉骑跨，所以属于是最复杂的先天性心脏病。
应进行一系列检查，包括心电图、胸部X光和超声心动图等，这是一种先天性心脏病。可以说，预后不是很好，手术是第一步。手术后的恢复很重要，就算不能痊愈，至少也能在一定程度上控制病情。
先天性心脏病的类型和严重程度决定了其存活时间。有的对生命没有太大的影响，只能通过身体检查来检查，比如房间隔缺损、动脉导管未闭、主动脉狭窄、肺动脉瓣狭窄、三尖瓣下移畸形、主动脉窦动脉瘤等。如果是室间隔缺损、法洛四联症、艾森门格综合征等，都有室间隔缺损，如果房间间隔缺损太大，患者的预后就会变差，必须尽早手术，一旦错过了手术的机会，就很难存活到成人。
先天性心脏病复杂畸形可以手术治疗。这种先天性心脏病一般比较严重，手术复杂，治疗起来比较困难。但是现在医学较为，去正规的三甲医院心内科就诊，找出病因，明确诊断后，在术前由专业医生制定治疗方案，由有经验的医生来做，效果通常会更好。只要治疗得当，调理得当，还是可以治好的，一般不用过于担心，手术后注意做好调理即可。