最基础的区别就是硫酸软骨素是单方药物，而氨糖软骨素是氨基葡萄糖和硫酸软骨素复合而成的复方药物。其次硫酸软骨素可以和水分子结合，滋润关节部位，主要作用是促进关节软骨再生。而氨糖软骨素中氨基葡萄糖可以保持关节软骨的代谢平衡、促进胶原蛋白的合成、修复损伤的关节软骨，氨糖软骨素主要作用就是改善关节问题。
乙酰谷酰胺这种物质在进入到人体血液之后所可以起到的功效作用比较强大，因此乙酰谷酰胺注射液的应用范围也比较广泛，就目前而言，乙酰谷酰胺注射液主要的适应症包括神经外科手术所引起的昏迷、脑外伤性昏迷、高位截瘫、神经性头痛、腰痛、小儿麻痹后遗症、偏瘫、肝昏迷、脑瘫、眩晕症、脑族中后遗症等。
乙酰谷酰胺注射液的主要成分就是乙酰谷酰胺，乙酰谷酰胺是可以分解为谷氨酸和γ-氨基丁酸，从而能够改善神经细胞的代谢，维持一些神经的正常功能，并且可以降低人体的血氨，可以改善神经和大脑的功能。所以乙酰谷酰胺注射液用于多种原因引起的一些神经系统的障碍，包括昏迷，还有一些截瘫或者是神经性的头痛、腰痛等症状。
硫酸软骨素在十到二十元左右一瓶。硫酸软骨素主要是从猪的喉骨、鼻中骨以及气管这些软骨组织中提取制得的，它是一种酸性粘多糖成分。主要用于高脂血症，能够有效的预防冠心病、心肌梗死、冠状动脉粥样硬化以及心肌缺血性疾病。
硫酸软骨素和盐酸软骨素都属于保健品类别，其用于改善骨密度。不仅可以补充软骨素，还可以改善骨骼和关节活动。多用硫酸软骨素，主要是因为硫酸软骨素比盐酸软骨素更容易吸收，吸收的更好一些。