卵巢囊肿的治疗以手术疗法为主，治疗方式取决于年龄、病变的性质，还有卵巢囊肿的部位、体积大小、生长速度，还有是否需要保留生育功能，这些因素决定的。针对良性的卵巢囊肿，手术治疗。就是卵巢囊肿切除术，年轻的，尤其是绝经前的人，都采用这种方法，尽可能的保留正常的卵巢组织。另外，输卵管卵巢的切除术。年龄较大，45岁以上的或者绝经后的都采用这种方法。
对于卵巢囊肿的治疗，一般是建议在月经干净后三到七天做较好，这样是不会影响到以后正常的月经的，也不会因此造成月经异常，对于身体的恢复是较好的，这一点是不能忽视的，手术时间不当，对于身体恢复是不利的，这一点一定要慎重，术前检查工作也是需要做好的。
卵巢囊肿蒂扭转是一种常见的妇科急腹病，大约10%的患者会出现蒂部扭曲。一旦发现，立即进行外科治疗，以切除患者一侧的肿瘤及一侧的附件为主。瘤蒂较大，中心向一边倾斜，其蒂部在突变时可能会出现，而扭转的蒂取取自盆腔的漏斗韧带、卵巢固有韧带及输卵管。临床上常见的临床表现为：体位性变化后，会出现一种突发性的腹痛，并伴有恶心、呕吐、休克等。如果出现该情况，建议患者及时进行治疗。
可以采用手术治疗方法，良性卵巢囊肿的手术治疗，卵巢囊肿切除术，尤其是绝经前多采用此种术式，输卵管卵巢切除术，适用年龄较大或绝经后的，恶性卵巢囊肿的手术治疗，多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，也可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。
通常情况下，做卵巢囊肿检查的最佳时间是月经干净3-7天。具体情况分析如下：
卵巢囊肿是卵巢内或其表面形成的囊状结构，患者可能会出现坠胀、下腹部不适、月经异常等症状，月经干净3-7天的患者此时去做卵巢囊肿检查，由于阴道分泌物少，盆腔也不会处于充血状态，会更清晰的了解到卵巢囊肿的大小，初步判断卵巢囊肿的性质。患者可以按照医嘱使用消结安胶囊、红金消结浓缩丸、桂枝茯苓胶囊等药进行治疗。
卵巢囊肿的治疗时间要根据囊肿的性质，临床症状有没有疼痛之类的，以及囊肿持续的时间决定。如果是育龄期的女性，初次超声发现卵巢囊肿，超声提示的是单纯囊肿，并且肿瘤标志物等都是阴性，可以观察2-3个月以后复查超声，如果肿物持续存在，需要手术治疗。
