卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿是可以通过手术取出囊肿的。平时要多注意情绪的调节，保持心情舒畅，多休息，多吃些清淡的，少吃辛辣刺，激性过大的食物，多吃水果，多喝点热水。具体需要遵训医嘱。
一般情况下，卵巢囊肿是一种良性的疾病，与内分泌失调、湿热瘀滞等因素有关。从中医的观点来看，是由于气血两虚、血瘀、肝肾虚、肝气郁结所致。艾灸具有通经、祛风、温经、扶阳祛邪、调节气血、补气益血等多种功能，对于卵巢囊肿有一定的疗效，建议患者在正规医院进行艾灸。囊肿的生长速度很快，囊肿也很大，要尽快到正规的医院进行治疗，并配合医生进行手术，将囊肿切除是彻底根治的好办法。
卵巢囊肿一经确定应尽快手术治疗，超过5CM必须手术否则随时都有发生破裂或蒂扭转的可能而危及生命。药物治疗无效。可以选择腹腔镜下卵巢囊肿剥离术不需开腹不切除卵巢可最大限度保留生殖器官完整性及生育功能。
卵巢囊肿的化学治疗为卵巢囊肿的主要辅助疗法。估计手术切除肿瘤困难，术前先用1～2疗程化疗，可提高手术切除术。术后应用化疗则可预防复发，手术切除不彻底者，化疗后可获暂时缓解甚至长期存活，手术无法切除者，化疗可使卵巢囊肿缩小、松动，为再次手术创造条件。这是卵巢囊肿的治疗方法之一。