子宫内膜异位最佳怀孕方法是手术治疗。
如果出现一个六七厘米以下的卵巢囊肿，可以考虑是自然妊娠半年，如果不成功，可以进行促排卵或者手术。术前要进行AMH检查，以了解卵巢的功能，如果卵巢功能正常，可以选择手术。为了防止术后出现的卵巢功能减退和排卵异常，可以在术前进行冰冻。术后要尽快进行促排卵，或者去专业的不孕专家进行体外受精。
根据每个病人的具体情况进行个体化的手术治疗。经腹腔镜手术还是开腹手术取决于操作者的经验和技术，不完全取决于疾病期别。子宫内膜异位症手术治疗通常有三种方式，即保留生育功能的手术，保留卵巢功能的手术。
子宫内膜异位症可以采用热敷的方式来缓解症状，中医治疗子宫内膜异位症能有效缓解子宫内膜异位症引起的疼痛感，也可以通过激素疗法进行治疗，但是要在医生的指导下正确的用药，平时需要加强护理，并且严重者要考虑手术治疗。
子宫内膜异位症西医治疗方法有手术和药物两种：药物治疗，主要是口服激素，即假孕和假绝经疗法。手术治疗。用中医的辨证施治方法，使异位的包块要逐渐的液化。缩小、吸收，异位包块的缩小而减轻，或者全部消失。
治疗方法有药物治疗和手术治疗两种。药物治疗一般是通过激素类药物来进行治疗，另外避孕药和中成药对子宫内膜异位也有一定的疗效。手术治疗是指直接将病灶切除，但术后也需要药物治疗来补充巩固疗效。