巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，临床原则是手术治疗，现代医疗水平先进，可以不用开刀，直接用微创术，在腹部0.5CM小切口，入院到出院三至五天，将巧囊剥离，再在术中用药物及生物防粘膜，这样可以不再复发。
巧克力囊肿手术治疗一个月左右就康复了。巧克力囊肿的手术治疗方法主要有：卵巢内膜囊肿液抽出术、内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保证正常卵巢和生育功能。术后一个月就能恢复正常生活。
对于巧克力囊肿能需要治疗多久是要看个人的情况的，每个人的体质不同，时间也就不同。平时要注意自身保暖，经期，禁止激烈体育运动及重体力劳动，在月经期或月经中期一定要注意保持情绪稳定，避免过度劳累。情况严重时要手术进行治疗。
巢囊肿手术后至少也一个月之内是不能同房有性生活，之后要是有性生活那么也要轻一点，这个病是会影响以后的生育的，去医院复查一下刀口愈合情况和卵巢功能恢复的情况，三个月时候到医院复查下看恢复的怎么样。
三个月，巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，有生育要求的年轻人，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
一两天之后就可以洗澡的。注意休息、避免劳累、避免受凉。术后需要通过饮食增加身体的营养和恢复体力，因此饮食上不能太过随意。巧克力囊肿病人在穿刺后需要吃些清淡并且营养丰富多的食物。
