卵巢囊肿的治疗方法主要是手术治疗。必要时需要配合化疗药物进行治疗。
如果卵巢囊肿为良性，有生殖需求，可以采取手术摘除，尽量保存正常的卵巢。若无生殖需求，则需将一侧或两侧的输卵管及卵巢摘除。卵巢囊肿为恶性肿瘤，应尽量将原发囊肿和转移灶进行切除，术后应在腹腔中放置导管，并通过腹腔内注入化疗药物来进行预防。
手术后，患者应该注意休息，不要过度劳累，以免撕裂伤口。
卵巢囊肿的治疗方案包括有良性的治疗，也包括有恶性的治疗，如果是良性的囊肿的话，病变比较小，而且比较轻微，大多是由于炎症感染所引起的病情。可以选择合适的药物进行治疗，可以取得良好的治疗效果，如果是囊肿比较大，出现有局部压迫的症状，需要及时进行手术治疗，如果是恶性病变的话，就需要及时进行手术治疗、放疗、化疗或者联合治疗。
卵巢囊肿是一种新生肿物，除了正常的卵巢结构外，大部分都是囊性的，统称为卵巢囊肿。
卵巢囊肿的病因可分为生理和病理两种。按照肿瘤的性质，可以分为良性的、交界性的、恶性的。卵巢囊肿是由遗传因素造成的，有20-25%的资料报告，精神压力和不良的生活习惯等。
另外，由于卵巢自身某些成分的变异，也会引起卵巢囊肿。无临床症状，通常是在日常检查中偶然发现的。因此，在临床上，只要没有特别的症状，没有特别的不适，是不需要特别治疗的。
卵巢囊肿不能通过食疗的，当然如果是生理性的黄体囊，不需要特殊治疗，如果是病理性的卵巢囊肿包括手术治疗和保守抗炎治疗。如卵巢占位大于五公分，需进行手术治疗，同时结合检查、症状、病史进行综合判断；如为炎性囊肿，可进行抗炎治疗；囊肿年龄与囊肿生长速度相关，绝经后新发卵巢占位，需进行手术治疗；育龄期女性，需根据月经周期和生长速度进行诊断。
较小的卵巢囊肿，们可以等待观察、定期复查或者通过中药治疗，超声治疗、介入栓塞治疗，如果持续增大或者有恶变的可能，们可以选择手术治疗，包括卵巢切除术、输卵管卵巢切除术、全子宫及附件、切除手术治疗。
治疗卵巢囊肿的中药主要是活血化瘀类的，常见的有当归、茯苓、益母草、桂枝、川穹等等，这些中药可能具有抑制卵巢囊肿生长的效果，甚至可使其缩小，常用的中成药有桂枝茯苓丸。需要注意的是，不同患者对中药治疗的反应不同，如果服用中药超过2个月，卵巢囊肿依然没有变小，可能需要进行手术治疗。但具体的治疗方案，需要去医院就诊后再确定。