如果卵巢囊肿选择微创手术，在三甲级别的医院做，一旦用腹腔镜，费用至少20000元以上，一般是20000-30000元之间。以下为常见一般公立医院收费参考：卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，即一侧性或双侧性、囊性或实性、良性或恶性，其中以囊性多见，有一定的恶性比例。卵巢囊肿类型不同、治疗方法不同，手术难易程度和术后辅助治疗也存在不同。良性卵巢囊肿治疗费用约几千到一两万块钱不等；恶性或交界性肿瘤，手术范围较大，术后需辅助化疗等治疗方式，费用较高。
不同地区的经济条件存在差异导致不同地区的费用不同，大部分为二百元左右，但是有些经济相对发达的地区费用相对要高一些，经济相对落后的地区费用就要低一些，但是不会有太大的差异。
很可能是卵巢巧克力囊肿，因为巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症所引起的囊肿，在临床上具有很高的复发性，所以在术后为了避免复发可以打达菲林进行治疗。一般是用药三个月到半年的时间。
起卵巢囊肿的原因主要以下几个因素：遗传因素，20%～25%的卵巢肿瘤病人有家族史；内分泌因素，临床上很多卵巢囊肿病人和多囊卵巢综合征病人的基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果。
女性体内激素水平紊乱，或者妇科炎症都可能造成卵巢囊肿.
首先需要知道所患的卵巢囊肿是生理性卵巢囊肿，还是病理性卵巢囊肿。生理性卵巢囊肿是由于在排卵期后，由黄体期所形成的囊肿，一般是小于5厘米。在黄体期结束之后，激素水平下降，就会自动消失的，并不需特殊处理。而由于炎症导致，以及内分泌紊乱或者遗传因素所导致，还有子宫内膜异位症所导致的卵巢巧克力囊肿等，就需要根据病情来进行治疗。
3000-5000元，卵巢囊肿包括两种手术途径：腹腔镜手术以及开腹手术。开腹的手术又包括：开腹的卵巢囊肿剥除术、开腹的患侧附件切除术。腹腔镜手术包括：腹腔镜下患侧卵巢囊肿剥除术、腹腔镜下患侧的附件切除术。对于年纪比较轻，有生育要求的女性，一般选择开腹的卵巢囊肿剥除术、或者腹腔镜下的卵巢囊肿剥除术。