巧克力囊肿的发生是因为子宫内膜异位到卵巢上而发生的，如果想医治巧克力囊肿，唯一的办法就是让女性闭经或者切除双侧卵巢。但是这种方法一般女生不会接受切除双侧卵巢，可以通过药物控制等到女性闭经，巧克力囊肿会自然痊愈。
需要挂妇科。巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，平常注意一下饮食，多吃些水果蔬菜，注意多休息，不熬夜，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，加强营养，观察平时的月经情况。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症的表现形式，目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
要注意劳逸结合，不要过度劳累，避免高度紧张及精神刺激，保持乐观开朗的心情，和平和的心态，增强机体的免疫力，平时注意保暖避免感冒受寒。加强体育锻炼，增强体质，多在阳光下运动，多出汗可将体内酸性物质。有辅助恢复的作用。
有痛经的症状，并且月经不调，不能排除巧克力囊肿，或者子宫腺肌症，去医院做B超检查，看是巧克力囊肿还是子宫腺肌症，如果是巧克力囊肿，做一个可视针吸治疗，把巧克力液抽出来，注入硬化剂，这样巧克力囊肿就会吸收，如果是子宫腺肌症，可以上吉妮环治疗。巧克力囊肿又叫子宫内膜异位症，就是说子宫内膜组织出现在了子宫体以外的地方了。本病的发病机制还尚不清楚。常见的症状是下腹痛、痛经、性交不适和不孕等。有些病人无症状。治疗应根据病人的年龄、症状、病变范围以及对生育要求等情况全盘考虑。