卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿是妇科常见病，卵巢囊肿是否需要进行手术切除，需要专业的医师进行判断，借助B超，CT，核磁等影像学检查、实验室检查结果判断肿瘤性质。卵巢单纯性囊肿，直径＜5公分，可观察2一3个月，如自行消失属于功能性囊肿，如持续存在，继续生长，则需手术治疗。
卵巢囊肿应该去正规的三甲医院治疗，不要去一些小的门诊或者是药店，卵巢囊肿治疗方法，只有卵巢囊肿非常严重了，才考虑手术治疗，如果是因为身体内分泌失调导致的卵巢囊肿，可以中医治疗。
去当地的正规的医院做检查及治疗，囊肿没有特效治疗的，如果囊肿不超过5cm可以不手术治疗的，进行药物保守治疗，可以看中医后服用中药调理，有妇科炎症引起的，需要注意做下妇科检查及白带检查和宫颈检查查看是否异常。
卵巢囊肿可采用卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术等手术治疗。可根据患者的囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能等因素而定。恶性卵巢囊肿可术后腹腔内注射化疗药物治疗。