卵巢囊肿的治疗方式取决于年龄，是否恶性，囊肿的部位、体积、大小、生长速度，是否保留生育功能以及的主观愿望等因素而定。一般多采用手术治疗，排除卵巢非赘生性囊肿，如囊肿大于五厘米，需手术治疗，包括开腹手术、腔镜手术。常用术式为卵巢囊肿切除术、卵巢囊肿剥除术。
卵巢囊肿如果是生理性并且囊肿在5厘米以下不算严重，如果发现囊肿大于6厘米，并且有逐渐增大的现象，就建议及早住院进行手术治疗了。卵巢囊肿是不会有生命危险的。
卵巢囊肿多数是由妇科炎症引起的，先吃一些抗炎药物等月经干净，三天之后需要复查彩超，看是否有减小的趋势，囊肿大小不超过五厘米，如果有效果当然更好，如果观察超过五厘米，可以考虑手术治疗。
卵巢囊肿的治疗方案包括有良性的治疗，也包括有恶性的治疗，如果是良性的囊肿的话，病变比较小，而且比较轻微，大多是由于炎症感染所引起的病情。可以选择合适的药物进行治疗，可以取得良好的治疗效果，如果是囊肿比较大，出现有局部压迫的症状，需要及时进行手术治疗，如果是恶性病变的话，就需要及时进行手术治疗、放疗、化疗或者联合治疗。
卵巢囊肿是需要忌口的，以免食物刺激加重病情。卵巢囊肿在饮食方面尽量少吃豆浆，牛奶，蜂王浆，少吃辛辣刺激性食物。在治疗方面，小的囊肿可以随诊观察，如果是较大的囊肿可以选择腹腔镜下手术，无论囊肿大小，如果卵巢囊肿突然出现下腹疼痛症状，不排除卵巢囊肿蒂扭转或者破裂，建议急诊住院治疗。
卵巢囊肿的治疗方法主要是手术治疗。必要时需要配合化疗药物进行治疗。
如果卵巢囊肿为良性，有生殖需求，可以采取手术摘除，尽量保存正常的卵巢。若无生殖需求，则需将一侧或两侧的输卵管及卵巢摘除。卵巢囊肿为恶性肿瘤，应尽量将原发囊肿和转移灶进行切除，术后应在腹腔中放置导管，并通过腹腔内注入化疗药物来进行预防。
手术后，患者应该注意休息，不要过度劳累，以免撕裂伤口。