卵巢囊肿的治疗取决于囊肿的大小和症状。有必要在所有方面采取保守的药物治疗或选择性手术。对于对内分泌影响较大的多种囊性疾病，进行手术治疗。对于小单囊肿可能是生理性的，所以可能是自我恢复，定期复查彩超等，囊肿也可以在选择中医治疗方面有一定作用。
卵巢囊肿有两种类型，一种是生理性的，一种是病理性的。需分情况讨论：
1.生理性：生理性的卵巢囊肿，通常不需要特殊治疗，一般来过月经之后，囊肿会自动消失。这种囊肿是因为受到激素水平波动的影响而暂时性发生，来过月经之后，自己会消失。
2.病理性：病理性的卵巢囊肿，如果没有明显的症状，直径小于五公分，可以先定期观察，暂不手术治疗。若囊肿直径超过五公分，伴有明显的症状，例如有腹痛、不规则的阴道流血、不孕的症状，患者一般需要接受手术治疗，通常预后良好。
囊肿可以是生理性的或病理性的，生理性的囊肿无需手术，而病理性的囊肿，往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。病理性的左侧卵巢囊肿是由于疾病而形成的囊肿。到三甲医院检查治疗，囊肿直径大于5厘米，一般需要手术治疗。如果比较小可以用药物治疗一下，定期做好复查的。
良性卵巢囊，子宫切除发生于近绝经期或绝经期妇女的一侧或双侧卵巢囊肿病人全身情况不能胜任，双侧附件及全子宫切除为宜，但会严重影响内分泌失调。卵巢囊肿切除术：病人多无月经障碍，甚至有合并妊娠者，有的一侧肿瘤较显着，则可行患侧输卵管卵巢切除术。输卵管卵巢切除术：一侧卵巢囊肿发生于年龄较大）病人周身情况不能胜任或炎症严重者常行全子宫切除术，应不计切口大小。
如果囊肿发生蒂扭转，则有严重腹痛腹胀、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。一般大于5公分需要手术治疗，五公分一下保守治疗，炎症引起的抗炎治疗后会消失的，一般问题不大，属良性的。
