治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症的表现形式，目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
正常卵巢囊肿不治疗，自己好的可能性很小，特别是年轻女性激素活动频繁，更降低囊肿的自愈几率。如果不治疗可能会变大，卵巢囊肿万一变大，就可能使下腹或背部隐隐作痛或感到肿胀。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名卵巢巧克力囊肿，也是较为常见的卵巢囊肿。是由于子宫内膜异位波及卵巢，在卵巢内形成巧克力样粘稠液体的囊肿。病人常有进行性加重的痛经、性交痛、不孕以及月经失调。巧克力囊肿可采用药物或（和）手术治疗（保守性或治疗性）。迄今为止，除治疗性手术外，尚无一种理想的治疗方法。