巧克力囊肿可以服用中医调理，然后配合针灸治疗，常取气海、关元、三阴交、阴陵泉、足三里、血海等穴治疗，一般体质可用电针，严重虚寒体质可用针上灸艾粒治疗，治疗时间以月经前即月经来前几天为主，有需要月经后也可以加强针灸。
巧克力囊肿做B超可以检查出来，但是不能确诊的，只不过单纯的显影有囊肿但是，具体不知道是哪一类的，需要做手术，将组织做病理，才能确诊巧克力囊肿如果已经确诊了，而且直径超过了3cm，就要考虑是否采取手术了，因为保守治疗已经不能治疗好了，甚至还会导致了囊肿的破裂，还是采取手术方法更好的促进卵巢组织健康。
巧克力囊肿请到妇科内分泌挂号，如果是专科医院，考虑挂女性不孕科。巧克力囊肿检查的时间是在月经完全干净7天之内。应该到正规的不孕不育医院查明病因，针对性的制定合适的治疗方案。切勿盲目治疗。以免耽误治疗时期。
出血性卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、马兰头、石耳、柿饼。感染性卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃鳗鱼、文蛤、水蛇、针鱼、鲤鱼、麒麟菜、芹菜、芝麻、荞麦、油菜、香椿、赤豆、绿豆。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。