以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。病人应坚持随访并争取尽早怀孕，对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
随着生活水平的提高，人们在饮食上的选择更丰富多样，从日常饮食中已经可以摄取到足够的营养。并非一定要刻意养护，进食各种补品才算调理，只要保持正常作息、饮食均衡就可以了，无须过于纠结饮食的“宜”与“忌”，即使是刺激辛辣的辣椒，偶尔浅尝也并无不可。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。