下卵巢巧克力囊肿的常见病因都有：内分泌因素；输卵管阻塞；性生活频繁；流产过多。卵巢巧克力囊肿，其实这是一种不仅影响健康，而且影响生育的疾病，而且卵巢巧克力囊肿是一种比较严重的卵巢囊肿，建议在患上之后一定要及时的就医治疗。
内分泌紊乱是导致巧克力囊肿的最常见原因，主要高发于内分泌旺盛的生育年龄，尤其是如果长期处于紧张压力或者不安等情绪影响下，都非常容易因为内分泌失调而诱发疾病。还有因为多次分娩或者流产，容易导致子宫内膜粘连，进而引起子宫内膜碎片排出不畅的问题，因此这些废旧垃圾，就容易堆积在宫腔内，而不能经由阴道排出，长期这样，就有可能触发巧克力囊肿。
患有巧克力囊肿是因为内分泌失调所致。卵巢是产生卵子并且排卵、内分泌激素、平衡内分泌的一个重要生殖器官，而左附件巧克力囊肿的问题高发于内分泌旺盛的生育年龄。如果确诊了就应该及时治疗。
巧克力囊肿是常见的一种妇科疾病，巧克力囊肿形成原因是房事过多：卵巢巧克力囊肿大多和体内雌激素分泌过高有关，高发于青春期少女或是更年期妇女。因为工作或者生活，长期精神压力过大，会引起植物神经功能紊乱，导致内分泌的失调，从而形成巧克力囊肿。
得巧克力囊肿，至今病因不是很明确。主要与以下有关：遗传因素。内异症具有一定的家族聚集性，说明可能与遗传有一定的关系。5.免疫与炎症因素研究表明，免疫调节异常在内异症的发生发展各环节起到重要的作用。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位在卵巢，月经期异位内膜脱落出血，积在卵巢流不出来导致的。会引起进行性加重的痛经，影响卵巢功能，影响月经怀孕等，夫妻之间房事过多，这也是导致女性出现巧克力囊肿的重要原因之一。