子宫内膜异位症的治疗要根据患者的年龄、病情的严重程度、是否有生育需求来决定，具体的治疗方法有：
1、保守治疗：可以采用假孕术或假绝经治疗，在子宫中用药来控制女性的经期，从而达到假孕或者绝经的目的。
2、外科：现在采用的是微创技术，即腹腔镜，对病变进行全面的综合、根治性和半根治性的治疗，提高患者生存期、生活质量、怀孕率。
通常情况下，患者可以通过使用药物、手术治疗等方式进行治疗子宫内膜异位症。具体情况分析如下：
使用药物：子宫内膜异位症患者可以口服避孕药、促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）、雄激素类药物（丹那唑）、孕激素受体拮抗剂（米非司酮）等。
手术治疗：年轻且有生育要求的患者，应进行保留生育功能手术；已有子女且患者年龄较大，应进行保留卵巢功能手术。
如果子宫内膜异位不严重，现在可以使用活血化瘀的药物保守治疗，可以缓解大姨妈引起的疼痛。如果子宫内膜异位症严重，有明显的肿块，可以考虑手术治疗。子宫内膜异位是具有活性的子宫内膜生长在子宫以外的地方，异位的子宫内膜组织随着大姨妈周期发生变化。
剖腹产引起的子宫内膜异位症应该在剖宫产术后子宫内膜异位症可以先口服药物保守治疗。如果症状比较严重就需要手术治疗，因为剖宫产容易造成子宫内膜异位症的发生。是指有生长功能的子宫内膜在子宫腔以外的部位生长并且规律性脱落。
手术治疗，保守性手术和半保守手术，前者切除病变组织，保留子宫卵巢，后者切除病变组织和子宫，保留卵巢，根据患者年龄和生育需求确定手术方式。药物治疗，年轻的女性有痛经，查体，盆腔无明显包块，给予短效的口服避孕类的药。
中医治子宫内膜异位症采用中医理气活血，通淤散结之法为主。治疗原则是温经散寒、活血化瘀、软坚散结、消肿止痛，通过用中药，使异位的包块要逐渐的液化。缩小、吸收，临床症状会随着异位包块的缩小而减轻，或者全部消失。