要去治疗巧克力囊肿的专科医院，或者是治疗囊肿的专科医院都可以，这些医院的设备和仪器，都比较先进，而且，大夫的经验，相对来说比较丰富，更利于治疗巧克力囊肿的治疗和效果。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。