如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。

保守治疗。保守治疗通常是指使用药物进行治疗，并且有许多这样的药物。通过药物作用暂时中止3-6个月，卵巢子宫内膜不会出血，因此卵巢囊肿可能会缩小。更年期，痛经等症状可以完全消失，但卵巢巧克力囊肿不太可能完全消失，停药后仍有可能复发。

该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉影响冲任致使经血不调，运行不畅胞，宫失养痰浊阻滞气机升降，影响水液代谢痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键所以，要慎重根据自身的状况来选择治疗，治疗时需要去正规大医院。

手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病比较适合的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的选择。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。

可以试试中药诊脉调理，对这种病有效果。注意姿势端正，调节情绪。注意休息饮食起居，少吃辛辣刺激，少吃膨化食品碳酸饮料。多喝温热蔬菜汤。热敷理疗，注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。

巧克力囊肿要到正规的三甲医院进行诊断，根据不同的病情来制定合理的治疗方案，接受系统、科学的治疗，只有对症治疗才会提高治好的几率，千万不要盲目去治疗，以免加重病情。