治疗女性卵巢囊肿一般采用手术切除的方式，但是多数病人不愿接受，因费用高、留伤口。切除后易在原来的部位复发或对侧又长出囊肿等缺点，不是恶性囊肿病人一般不会选择手术治疗。囊肿小于5cm。用中药丹桂消聚贴治疗可起到事半功倍的疗效。
怀孕前卵巢囊肿可能是由于体内激素的刺激，导致卵巢囊肿增大，但是怀孕初期不会出现卵巢囊肿疼痛。
怀孕初期受体内激素的刺激，只会使囊肿增大，而不会引起囊肿的破裂和扭转。如果是卵巢巧克力囊肿，怀孕后卵巢巧克力囊肿会慢慢萎缩，所以卵巢巧克力囊肿不会引起疼痛，反而会随着孕周的增加而逐渐萎缩变小，甚至有可能是怀孕后自愈。
一般情况下，怀孕初期卵巢囊肿治疗要根据囊肿的性质和患者的症状决定。
1.如果囊肿直径在5cm以上，一般需要进行手术治疗，避免卵巢囊肿破裂引起急腹症。
2.如果是良性的生理性囊肿，囊肿直径在5cm以下，患者没有明显的临床症状，一般不需要特殊治疗。
日常生活中，应注意个人卫生，饮食清淡，作息规律，多休息，保持良好的心态，注意合理运动，增强自身的体质，有利于身体健康。
治疗卵巢囊肿通常使用最多的方法就是药物以及手术的方法，对症治疗一般是好的快的。卵巢囊肿初期病人进行囊肿的切除治疗为佳，手术以后服用抗菌消炎类的药物配合治疗数天。
一般情况下，怀孕初期有卵巢囊肿可能是激素水平变化造成的，具体内容如下：
在怀孕后，女性体内激素水平变化，女性的卵巢会产生一种叫做“黄体”的物质，黄体会分泌一些激素来保证女性的正常孕期，这种情况下，黄体也会逐渐增大，可能会出现卵巢囊肿，这其实是黄体体积变大导致的卵巢的黄体囊肿。一般怀孕2个多月后，黄体就会慢慢的出现胎盘，这时候的卵巢囊肿就会慢慢的消失，因此，女性无需过度紧张，定期进行产检，明确自身情况即可。
卵巢囊肿在临床上大多表现为小腹部疼痛，不仅白带增多，色黄，有异味，月经不调，并且通常在小腹内有一个坚实而无痛的肿块，有时会有性交疼痛。当囊肿影响到了激素的分泌时可能会出现阴道不规则出血或者体毛增多等症状。较大的囊肿会对膀胱造成压迫，引起尿频和排尿困难。如果囊肿发生扭转，则会有严重的腹痛，腹胀，呼吸困难，食欲缺乏，恶心以及发热等。