导致巧克力囊肿最严重的原因有：一，生理原因：女性的子宫内膜在正常的情况下面是在宫腔之中生长的，生理期的到来，其会剥落之后重新开始增厚生长。随着长在卵巢位置的内膜不断增厚，淤积的内膜会越来越多，使得卵巢的位置出现了囊肿。内分泌因素：卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经，尤其是会出现性前时疼痛出血，最大的危害就是导致女性不孕。如果发现反复腹痛及囊肿增大，需要手术切除。可以医院妇科检查明确，在治疗期间不用有性生活，平时多注意局部卫生。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，是指子宫内膜病灶移位到了卵巢上，由于是咖啡色，像巧克力，被称为巧克力囊肿。巧克力囊肿是一种代谢性质的疾病，主要是由于内分泌紊乱所致。
巧克力囊肿属于良性病变，为卵巢肿瘤，虽然良性但存在恶变及转移可能。平时注意月经期卫生，禁止月经期性生活防止经血倒流利于减少巧克力囊肿发生。治疗以手术为主，平时注意生活规律，避免劳累和受凉。
做了手术一般就不会引起卵巢早衰，但是还是要注意保养，适当选用蛋白质含量较高又有丰富维生素的食品，如奶制品，蛋类，肉汁。注意每日的饮食还有日常的生活习惯，这些都与术后调理有关系。
可以试用适用于气滞血瘀，兼痰热交结所致症瘕，临床可用于子宫肌瘤病等腹中有包块。临床中对于不愿行子宫肌瘤剔除术及子宫切除手术且单个瘤体直径小于5cm的可采治疗；对于行子宫肌瘤剔除手术后的采用巩固治疗能防止子宫肌瘤复发。