卵巢囊肿的手术治疗方法包括腹腔镜手术与开腹手术两种手术途径。开腹手术包括开腹的卵巢囊肿剥除术以及开腹的患侧附件切除术；腹腔镜手术包括腹腔镜下卵巢囊肿剥除术以及腹腔镜下患侧附件切除术。对于年轻、有生育要求的病人，卵巢囊肿一般选择腹腔镜卵巢囊肿剥除术或者开腹卵巢囊肿剥除术。对于年龄比较大、没有生育要求、或者绝经后的女性，可以选择开腹的患侧附件切除术或者腹腔镜下患侧附件切除手术。
卵巢囊肿没有超过4.0以上，可以考虑用保守治疗的方式。如果大于4.0了手术治疗比较好，有卵巢囊肿的女性最常见的症状就是小腹部有硬块，阴道不规则出血，小腹疼痛等。所以确诊后积极的治疗，平时多注意局部卫生，治疗期间不要有性生活。
卵巢囊肿如果是生理性并且囊肿在5厘米以下不算严重，如果发现囊肿大于6厘米，并且有逐渐增大的现象，就建议及早住院进行手术治疗了。卵巢囊肿是不会有生命危险的。
并非所有卵巢囊肿都需要进行手术治疗，一般只有较为严重的肿瘤可以进行囊肿切除术、卵巢切除术等方式进行治疗。
卵巢囊肿较轻时一般不用进行手术，主要是因为手术后容易复发，但如果症状较为严重，持续存在超过3个月，同时体积较大，或是生长速度较快。患者可以在医生指导下采用卵巢囊肿切除术，进行治疗。如果囊肿有恶变倾向，还需进行卵巢切除术或者附件切除术等方式进行治疗。
卵巢囊肿是需要忌口的，以免食物刺激加重病情。卵巢囊肿在饮食方面尽量少吃豆浆，牛奶，蜂王浆，少吃辛辣刺激性食物。在治疗方面，小的囊肿可以随诊观察，如果是较大的囊肿可以选择腹腔镜下手术，无论囊肿大小，如果卵巢囊肿突然出现下腹疼痛症状，不排除卵巢囊肿蒂扭转或者破裂，建议急诊住院治疗。
如果有卵巢囊肿，大小如果大于3.0厘米以上都应该进行手术治疗，目前临床上治疗卵巢肿瘤，以手术治疗为主，如果有生育要求，可以保留部分卵巢组织，外用药物效果不，尽早手术治疗，目前治疗卵巢囊肿的手术有腹腔镜，只要在肚子上打几个孔，就可以将手术完成。
