如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
目前卵巢巧克力囊肿比较大，需要做手术处理。术后是否会复发，因人而已，需要复查着看。放松心情，避免心理压力过大，注意休息，避免剧烈运动，不要吃辛辣刺激性食物，遵从医嘱，积极配合医生治疗。
巧克力囊肿病人可以保守治疗，保守治疗一般是指使用药物进行治疗，这样的药物也较多。手术治疗。对于一些病人来说，采用手术治疗是好的治疗方法，尤其是囊肿较大的病人。在身体发生不适症状时，及时治疗。生活中要积极预防这些疾病。
治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
这种病情一般的轻度的可以用药物治疗，可以用中西医结合治疗，中医治疗疏肝理气，活血化瘀治疗，严重的需要手术治疗。饮食要清淡，保持平衡，多吃新鲜的水果蔬菜。不要熬夜，劳累。进行适当的身体锻炼。