卵巢囊肿多数是由妇科炎症引起的，先吃一些抗炎药物等月经干净，三天之后需要复查彩超，看是否有减小的趋势，囊肿大小不超过五厘米，如果有效果当然更好，如果观察超过五厘米，可以考虑手术治疗。
如果是良性卵巢囊肿可以采用切除术，如果卵巢囊肿已经是晚期时，为了避免囊肿组织向盆腔和腹腔转移，要尽快的切除原发囊肿。但是，晚期的囊肿已经与卵巢粘黏到一起，并紧贴着盆覆膜，所以需要将整个卵巢全部切除。
卵巢囊肿平时要注意生活要有规律，不要过度熬夜，多注意休息，避免劳累。要劳逸结合，保持好的心情，不要生气。也需要多注意卫生。在日常饮食中，多摄入蔬菜瓜果，保证维生素E、维生素B2的摄入量，坚持进行适当的体育锻炼。
卵巢囊肿的消除应该视病情而定，小于五厘米又没有查到明显的肿瘤指证的病人，多为功能性囊肿，可以密切观察，2至3个月检查一次，视病情情况采用药物治疗，中药西药都有比较明显的疗效，肿囊肿直径大于五厘米，则多为卵巢肿瘤，对此应该采用手术治疗，卵巢囊肿的危害相对比较大，因此必须认真对待，积极治疗，可以到正规医院诊治。
卵巢囊肿根据大小、位置、性质不同，治疗方法不同。一般以手术治疗为主，要看是否恶性，囊肿的部位，体积，大小和生长速度。如畸胎瘤，B超、平片检查可发现牙齿、骨头等特殊结构，肿瘤超过3-4cm需要进行手术处理。其它囊肿、肿瘤并无此典型表现。
生理性的卵巢囊肿，不管是右侧还是左侧肿，通常都是不用进行特殊处理，这种卵巢囊肿一般体积比较小，会在月经来潮之后自行消退，建议患者随访观察即可，可以在月经来潮之后再做个B超检查，观察卵巢囊肿是否已经消失。如果右卵巢囊肿过大，超过5厘米，建议及时进行手术治疗，根据囊肿不同的情况可选择行囊肿剔除术或卵巢切除术。