一般采用的传统手术切除囊肿，痛苦大、潜在风险高，费用也高，恢复缓慢，易感染，对工作、学习和生活有一定影响，放疗、化疗易损伤正气及机体正常细胞，使病人免疫功能降低，痛苦较大，费用也大。随着现代医学的进步传统手术治疗已渐渐淘汰，反而被微创治疗技术所代替。
当地的三甲不同类型的卵巢囊肿，有不同的治疗方法：真正的卵巢肿瘤，要根据肿瘤的性质及组织分类进行特异性治疗；如果是恶性肿瘤，要应根据肿瘤分期选择不同的治疗方法，常见有手术切除等。
卵巢囊肿如果是生理性并且囊肿在5厘米以下不算严重，如果发现囊肿大于6厘米，并且有逐渐增大的现象，就建议及早住院进行手术治疗了。卵巢囊肿是不会有生命危险的。
卵巢囊肿是需要忌口的，以免食物刺激加重病情。卵巢囊肿在饮食方面尽量少吃豆浆，牛奶，蜂王浆，少吃辛辣刺激性食物。在治疗方面，小的囊肿可以随诊观察，如果是较大的囊肿可以选择腹腔镜下手术，无论囊肿大小，如果卵巢囊肿突然出现下腹疼痛症状，不排除卵巢囊肿蒂扭转或者破裂，建议急诊住院治疗。
卵巢囊肿应该挂妇科，卵巢囊肿是大多是卵巢的良性肿瘤，是最常见的妇科疾病。可发生于任何女性年龄，以生育期为多见。最常见的就是内分泌紊乱引起的。如果卵巢囊肿不是很大，可以考虑保守治疗，如果囊肿比较大一经超过5.0以上了，那么还是尽早手术治疗比较好一些。