对于年龄较大且没有生育要求，对侧卵巢正常，子宫无受累的，为了避免日后复发，可以考虑作患侧附件切除，术后一般应服用治疗子宫内膜异位症的药物，以防止肉眼未能检测的病灶引起新的播散，女性月经期间，并禁止一切剧烈的体育运动和重体力劳动，避免寒凉，尽量少做人工流产和刮宫。
巧克力囊肿预防需要注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。要注意自身保暖，避免感寒着凉。月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。尽量少做人工流产和刮宫，做好计划生育。女性月经期一定要禁止性生活。
病因不清，其组织学发生复杂，不能完全预防。根据可能的病因及流行病学结果，可从以下几方面进行预防：防止经血逆流；药物避孕；防止医源性异位内膜种植。痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调，在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
预防巧克力囊肿复发要尽快怀孕，怀孕后对巧囊有一定的治疗作用，在医生指导下同房，同房后抬高臀部，以提高受孕的几率。经期避免剧烈运动，避免受凉，避免熬夜，注意经期卫生，少吃辛辣油腻生冷刺激的食物。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
