灰指甲的治疗方法包括外用药物涂抹和口服药物治疗。轻度灰指甲可以用杀菌消毒的药物涂抹；中重度灰指甲需要配合口服药物治疗，根据灰指甲发病部位需要坚持服药3-6个月左右。如果采取口服药物治疗，建议病人到正规三甲医院，在专业医生指导下使用。
灰指甲大部分都是由于真菌感染造成的，早期如果发现明显的症状，去正规医院就诊，适当的外用抗真菌药物，还有服药物，会很好的缓解症状，手术拔甲的痛苦较大，并且还可能会复发，因此也要配合外用抗真菌的药物，这种治疗方法一般比较适用于单发的灰指甲。
灰指甲应采取外用药物治疗，应该按照疗程有规律的进行治疗，坚持使用一个阶段。平时应该养成健康的生活和饮食习惯，比如注意休息，避免过度劳累和精神紧张，饮食应该清淡，平时应该适当的多饮水，多摄入新鲜的蔬菜及瓜果，避免辛辣鱼腥等刺激性食物。
轻度的灰指甲，比如很浅表的，没有明显增厚的，可以通过外用药来治疗。可以用冰醋酸，或者甲搽剂，像女孩子涂指甲油一样，涂在指甲上，但是含有药物的，还有一定渗透性。
灰指甲主要考虑是由真菌感染引起的，是可以传染给别人的，首先平时要避免密切接触，一般灰指甲需要应用抗真菌的药物治疗，外用的药膏为主，如果严重还可以通过手术来把感染的指甲拔掉。
灰指甲是一种真菌感染引起的皮肤病，要想效果好，可以通过手术把患甲拔掉，然后再用碘酊或其他抗真菌霜，服抗真菌药，效果会好些。如果不先拔甲，直接外用及口服抗真菌药的情况下，疗程就比较长了。