直接镜检。可剪除病甲，浸泡于20%KOH中，待甲板部位变软之后，将其压碎进行镜检，可发现甲板中存在有真菌菌丝孢子。该项检查仅能确定存在感染，但是对于具体的真菌感染类型无法确诊。因此若是想要对真菌类型进行具体的分析确诊，还需要进行更为详细的检查，常见如病理性检查等。
灰指甲的检查主要是真菌的检查，通常会取病甲的甲表面、甲下碎屑、甲组织进行真菌镜检，看是否存在菌丝，以确诊灰指甲；为了确定致病菌种则需要将这些甲组织进行培养，确定菌种；另外如果怀疑其他疾病，比如黑色素细胞瘤引起的甲病变，则可以做其他检查，例如B超等。
灰指甲检查通常不用抽血化验。灰指甲医学上称甲癣，致病菌主要是红色毛癣菌，其次是絮状表皮菌多由于浴池，毛巾等在公共场所间接接触传染，先从一个甲面开始，逐渐发展其他甲面与甲下，临床表现为甲板增厚，甲面粗糙不平，中空或与甲床分离，即可合并甲沟炎。
首先刮取碎甲及甲下碎屑，镜下可见真菌菌丝。外部表现可见甲板失去光泽，日久甲板变脆而破损脱落。多呈灰白色，且失去光泽。甲板增厚显著，表面高低不平。其质松碎，甲下常有角蛋白及碎屑沉积。有时，甲板可与甲床分离。
灰指甲需要到医院皮肤科常规检查、真菌培养检查。激光具有高靶向性、高能量的特点，能使病甲局部接受较高密度的能量并能够对病原菌有一定的抑制作用，较少对正常组织造成损伤，可以避免药物治疗的一些不良反应，可能作为非药物性治疗的一个选择。