治疗灰指甲的方法很多，灰指甲大部分是由真菌引起的，治疗灰指甲的药物都是能够消灭指甲真菌的，目前所采用的主要药物和方式是手术拔除指甲、内服药物和外用药物、中医治疗灰指甲。
灰指甲大部分都是由于真菌感染造成的，早期如果发现明显的症状，去正规医院就诊，适当的外用抗真菌药物，还有服药物，会很好的缓解症状，手术拔甲的痛苦较大，并且还可能会复发，因此也要配合外用抗真菌的药物，这种治疗方法一般比较适用于单发的灰指甲。
外用药物可以有一定的疗效，但疗程长，要有长期坚持治疗的耐心，手指甲有灰指甲一般外用药物最少三个月。想治好灰指甲可以采用外用加内服的办法，用药一周休息三周为一个疗程。一般需要3个疗程。用药期间密切监测肝功能。
孕妇可以治疗灰指甲。
灰指甲是一种常见的真菌性疾病。在临床中如果孕妇发生了灰指甲，也是可以进行治疗的。但由于患者处在一个比较特殊的时期，在灰指甲治疗期间，往往只建议其应用外涂的抗真菌药物，并不建议患者应用口服的抗真菌药物。最常用的就是阿莫罗芬、碘酊等来进行外涂的治疗。如果要口服药物来进行治疗，应在医生的指导下进行治疗，如果有不良情况应及时前往医院进行检查。
灰指甲通常指甲癣。一般情况下，不存在“最好”的说法，甲癣可以通过使用药物、日常护理等方式来治，具体内容如下：
1.使用药物：如果患者有甲癣，应及时就诊，遵医嘱使用盐酸特比萘芬乳膏、伊曲康唑颗粒等药物进行治疗，必要时可以拔甲进行治疗。
2.日常护理：如果患者患有甲癣，应养良好的卫生习惯，要注意保持甲部清洁、干燥，要及时更换、清洗鞋袜，尽量避免穿着他人的鞋袜，以免出现传染。