灰指甲是由不同的病菌引起的，所以采取的药物是不同的。到正规的医疗机构看实际情况采取诊疗，日常注意做好护理的措施。在接受正规诊疗的基础上，日常生活中保持良好的个人卫生习惯，毛巾、拖鞋、脸盆等专人专用，定期进行消毒，避免交叉使用，尽量避免去卫生条件差的公共浴池、游泳池等，及时削剪除去病甲组织，保持足部干燥，勤换鞋袜，更换宽松、柔软的平跟鞋等，均有助于提高灰指甲好的几率，减少复发。
甲真菌病的治疗主要使用抗真菌药物，因为甲真菌病的病原菌是真菌。抗真菌制剂可以在医生的指导下外用，抗生素也可以在短时间内服用。患者可以在外用抗菌药物前用温开水浸泡患病指甲约半小时，然后在用药前用刀刮干净。建议把病甲拨掉，然后再用药治疗，这样容易治好。平时应当去正规的三甲医院进行检查，平时多吃一些蔬菜水果，增强自身的体质。
如果脚部出现了灰指甲的问题，应该多多考虑是否因为存在了真菌性感染造成的，如果出现建议可以到专业的地方做一个真菌的涂片检查，也可以根据相关的化验结果，选择合适的抗真菌药物治疗，平时的时候注意保持局部的干燥和清洁。
外用药物可以有一定的疗效，但疗程长，要有长期坚持治疗的耐心，手指甲有灰指甲一般外用药物最少三个月。想治好灰指甲可以采用外用加内服的办法，用药一周休息三周为一个疗程。一般需要3个疗程。用药期间密切监测肝功能。
灰指甲包药后会有一些疼痛和不适的感觉，一般不需要进行处理。因为包药后的疼痛主要是因为胶带缠的太紧，所以要先把胶带取下来，如果局部没有淤血肿痛，没有任何的异常，要重新包扎。疼痛会在1-2天内逐渐消失。绷带的时候要注意不要太紧，否则会影响到血液的流通。日常生活中要注意保持良好的个人卫生，勤洗脚，勤换袜，避免鞋袜暴露，提高身体抵御致病真菌的能力，可以到医院皮肤科进行抗真菌治疗，同时还要注意多吃植物蛋白类的食物。