趾甲因为结构特殊，外用的各种药物都很难渗透进去，外用药物的效果不好。除非刚开始趾甲表面被真菌感染的时候，可以外用药物。口服抗真菌药物有亲角质的特点，而远端的趾甲是角质，所以可以富集药物，口服效果好。
灰指甲是由真菌感染引起的，口服药物可以服用抗真菌的，但是口服抗真菌的药物之前，要查一下肝功能是否有损伤，如果有损伤，不建议口服药物，如果灰指甲不严重，还是局部用药为主。在平常的时候一定要多注意卫生习惯，多注意饮食。
灰指甲通常指甲癣。一般情况下，不存在“最好”的说法，甲癣可以通过使用药物、日常护理等方式来治，具体内容如下：
1.使用药物：如果患者有甲癣，应及时就诊，遵医嘱使用盐酸特比萘芬乳膏、伊曲康唑颗粒等药物进行治疗，必要时可以拔甲进行治疗。
2.日常护理：如果患者患有甲癣，应养良好的卫生习惯，要注意保持甲部清洁、干燥，要及时更换、清洗鞋袜，尽量避免穿着他人的鞋袜，以免出现传染。
外用药物可以有一定的疗效，但疗程长，要有长期坚持治疗的耐心，手指甲有灰指甲一般外用药物最少三个月。想治好灰指甲可以采用外用加内服的办法，用药一周休息三周为一个疗程。一般需要3个疗程。用药期间密切监测肝功能。
灰指甲是可以用口服药物治疗的，灰指甲这种疾病主要是因为真菌感染而引起的，所以症状不太严重的病人就可以通过口服药物进行治疗。严重的病人就需要拔掉灰指甲。饮食方面忌辛辣，避免接触不卫生的东西。
口服抗菌药治疗灰指甲的效果并非百分之百，据临床研究发现，其治疗率从40～70％都有，且服药时间长，对肝肾的毒副作用非常大，不宜长久服用，一般的外用药物只要可以穿透指甲的致密角质层，药效能作用于甲床，就能有效治疗灰指甲。