肛周脓肿的轻重，分型决定了手术的方式，比较深的脓肿可能采用切开引流的方式，主要是保护肛门功能，以后大部分形成肛瘘需要二次处理，一般的脓肿采用一次切除，术后恢复期较长。
肛周脓肿需要手术治疗方法确切术中情况来选择肛周脓肿手术或肛周脓肿切开引流术，术后抗炎，可以到正规医院做引流手术，治疗脓肿手术费用600元左右，术后左右保持创面清洁干燥，避免辛辣温热的刺激食物。
肛周脓肿的大小还有深浅范围不一样，恢复的时间也就不一样，大部分需要在三到四周才能基本愈合，如果伤口很大，可能恢复的就比较慢。平时要注意多吃营养丰富、易于消化的食物，不要吃不干净的食物，规律生活作息，避免熬夜。
一般情况下，肛周脓肿要换药一个月左右。
脓肿术后半个月之内要每天换药，半个月之后可以二到三天换一次药，直到创口完全长好。主要看伤口情况，平时注意饮食习惯，多吃新鲜蔬菜，水果，注意腹部保暖，忌辛辣刺激性食物，多喝水，保持大便通畅，便后温水坐浴。在换药时要注意脓肿内口的消毒，清除坏死组织和分泌物，更有利于创面的恢复，也能很好预防肛周感染和皮下瘘形成。
一般治疗肛周脓肿仅需一次手术就能有效果，肛周脓肿是肛瘘的早期阶段，由于感染源部位（内口）多不明显，所以在治疗方法不全同于肛瘘，目前通行的办法是两次手术，即首先切开排脓，待数月后内口明显、瘘管形成再按肛瘘论治。本病手术的两个关键依然如何寻找内口和保护肛直环一般不影响性生活。
肛周脓肿能完全康复。肛周脓肿的处理原则是切除病变的肛隐窝，尽可能探寻内口所在。切开引流彻底清创暗腔，所有症状可随切开引流而消失。术中选择1点、11点切口，此部位脓肿多见于皮下和括约肌间隙脓肿。脓腔清创引流，脓肿暗腔清除与切除肛隐窝、选择切口有着同等意义，这是过程中的一个非常重要的环节，不容忽视。