一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
治疗肛瘘可以去肛肠科。肛肠科主要是研究肛管和直肠周围的疾病，肛瘘是肛肠科主要治疗的疾病之一。肛瘘发生在肛门周围，是由肛周脓肿破溃之后发展而来的。及时就行医治可以治好。
现在三甲专科医院治疗肛瘘都很好，可以放心治疗。若感觉肛门直肠附近有瘙痒，胀痛甚至流脓的现象，那就可能是得了肛漏，要尽快重视起来，否则可导致排便困难，身体消瘦，贫血等。造成肛瘘的原因有肛门裂反复感染，肛周脓肿，医治肛门直肠瘘的方法有肛瘘切开术，中药治疗，瘘管填塞术等。建议得了肛瘘的患者应该尽快前往公立医院医治，平常注意体育锻炼。
得了肛瘘，要吃清淡的饮食，吃饭时，应尽量吃像粥这样的流质食物或者面条饮食。应以平淡、易消化、柔软而富有营养的食品为主，忌食辛辣油腻的食品，宜进食富有营养的，可多煮一些汤服用，有利于排便，也有利于营养的吸收。
肛瘘可以选择手术进行治疗。有时可以暂时关闭瘘口而不排出脓肿，导致局部肿胀和疼痛，体温升高，随后封闭。闭合性瘘破裂，脓液排出。瘘管也可排出气体或粪便。同时要保持大便顺畅，不吃辛辣刺激性食物。