直肠炎的治疗有灌肠，对于粪便硬块嵌顿导致的直肠炎应采取灌肠，解除粪便压迫。由于引发直肠炎的病因较复杂，治疗原则应根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。可以通过粪便、涂片或活检组织进行细菌、真菌和病毒检测；相关抗体及毒素测定。要注意休息和饮食。
少吃辛辣刺激性的食物，保持规律的生活习惯和饮食习惯。注意保持心情的舒畅。直肠炎是可以治疗的，一般是使用中药保留进行观察，或者是使用复方黄柏叶进行灌肠，然后使用麝香痔疮膏和普济栓赛高，同时尽量避免疲劳熬夜。
肠炎通常会用一些方法减轻直肠黏膜水肿，口服一些药物，改变肠道的菌群，给予一些益生菌药物。医院肛肠科有些病人，采用把弥散的He-Ne激光导到直肠腔里，做黏膜照射也能够起到很好的治疗作用。
一般情况下，艾灸肛门对直肠炎的治疗，能达到辅助治疗的效果。
直肠炎多由肠道内菌群失调、有害菌滋生引起，而艾炙通常无杀菌、消炎之功效，故艾灸无法直接用于直肠炎，只能起到辅助治疗的作用。直肠炎以药物治疗为主，在平时要注意生活作息规律，尽量不吃辛辣刺激性食物，不要滥用抗生素，以免对肠道正常菌群造成损害，这样才能控制直肠炎病情。
饮食要清淡，不要吃含有胡椒、酒精等刺激物，禁止吸烟。建议食用高纤维食物，以促进排便和排便，减少脂肪食物的摄入，要多吃蔬菜、芹菜、莲藕等。不吃猪肉或其他油腻食品主食建议以粗粮为主，如玉米、黄豆、红薯等。少吃白米粉不利于大便形成。
直肠炎栓是可以治疗直肠炎的，栓剂作用比较直接效果也是比较好的，平时也可以去附近医院中医科诊脉，看看舌苔，辩证调理中药汤剂灌肠治疗等，平时需要，消除各种可能致病的因素，如避免进食对胃黏膜有强刺激的饮食及药品，避免辛辣刺激食物，避免油腻的食物，戒烟忌酒。注意饮食卫生，防止暴饮暴食。