目前治疗肛周脓肿比较好的治疗方法，是手术治疗配合抗炎药物，二者缺一不可，因为单用抗炎药物治疗，效果差，不能治好，而单纯的手术治疗，愈合比较慢，所以要把二者结合在一起才能快速治好肛周脓肿。
要到肛肠科。平时注意预防，避免局部潮湿，细菌感染发炎，避免生冷刺激性食物摄入，放松心情，多休息，合理饮食，保持局部清洁加强局部护理。平素尽量减少辛辣刺激食物的摄入，可用中药外洗坐浴，以缓解症状。
普外科或肛肠外科。肛周脓肿属于肛周的急性感染性疾病，可以到普通外科肛肠科去就诊。肛周脓肿发生的原因，主要是由于肛窦的炎症反复不愈所导致的，也有一些人是由于激发肛周软组织的感染，而形成的皮下脓肿。
宝宝患有肛周脓肿，属于外科病，需要去儿外科治疗，如脓肿明显需要脓肿切开引流治疗，黄疸2月仍不退，属于病理性黄疸。去医院挂儿外科看肛周脓肿，因为有肛周脓肿的高危因素，可能会引起败血症，黄疸有可能是败血症引起，应采血常规、血培养及脓液的细菌培养，来指导抗生素的治疗。
少数肛周脓肿用药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，单纯性脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用纱条放入脓腔做引流。
新生儿肛门脓肿应及时治疗。如果症状不是很严重，可以选择使用局部清洁来缓解病情，这可以是自愈的。如果新生儿平时不注意合理的身体保健，可能导致肛门脓肿的发生，或使出现明显的亚健康症状。