肛瘘病人，有病应尽早手术，只有手术才能治疗肛瘘。肛瘘是肛门周围脓肿的后遗症。肛周脓肿被医生切开引流或自行溃破后，脓腔逐渐萎缩变细而形成了一个管道，就是肛瘘。暴露在肛门外的瘘口叫外口，在肛管直肠内的则称为内口。平时要切实做好肛门护理才能阻止恶化。
如果确诊是肛瘘，应该及早进行肛瘘切除术，消除内口，如有分支管道，清除分之瘘道，定期换药。保守治疗效果一般容易复发。禁食辛辣刺激性食物，保持大便通畅及肛周清洁，便后可用花椒水清洗肛周，避免久蹲。
肛瘘需要到医院肛肠科进行系统的检查，必要时进行手术治疗。出现流脓的症状要及时治疗，避免症状加重甚至出现大便失禁的风险。注意饮食和生活习惯，忌辛辣，多吃水果蔬菜，保持大便通畅，不熬夜。
得了肛瘘以后，首选的就是手术，唯一的方法也是手术，其他的方法都只是缓解症状，而治疗肛瘘的手术又分很多种，好比肛瘘切开术、肛瘘的剔除术、瘘管剔除术，还有什么补片的填充，免疫制剂的填充等，各种方法很多。
应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。