少数肛周囊肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，平时保持肛门清洁，可用温水坐浴，注意少吃油炸熏烤食品，少吃味香肥美的油腻食品。不要吃刺激性食物。肛周脓肿是因直肠炎症等蔓延到周围形成是一个浓腔，脓液较少时可以通过大剂量的消炎药治疗，但脓液较多时应该要切开引流，并且要大剂量，长时间用消炎药治疗。
表浅脓肿可选择口服光谱抗生素，对范围相对大的脓肿需联合用药。早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得理想的效果。高位脓肿病情复杂，存在反复发作可能。极少数因感染过重，可造成死亡。
肛周脓肿最常见的发生原因是由于肛窦的炎症反复发作所导致。所以，为了预防肛周脓肿的发生，应该注意肛周的卫生，坚持每次排便之后及时的进行清洗，如果条件允许，每天睡前应该选择坐浴，可以预防肛周脓肿的发生。另外，也有一部分病人是继发于基础的疾病，如果肛周出现了外伤或者软组织的感染，也会继发脓肿的形成，尤其是对于有高血压、冠心病的人。
需要及时选择专业肛肠医院的肛肠科进行检查，并根据检查结果进行科学的针对性治疗，并保持良好的心态积极配合治疗。还需要在日常生活中忌食辛辣刺激性食物，尤其忌烟酒，平时饮食以清淡为主。
如果是已经形成了肛瘘，就要立即手术，因为时间长了，容易形成多个瘘管，增加手术的复杂性和痛苦。越早手术越好，因为这与医生的技术和经验有很大关系，所以要到正规的肛肠专科医院手术治疗，这样能很快得到治疗。还不复发。
