肛瘘可以选择手术进行治疗。有时可以暂时关闭瘘口而不排出脓肿，导致局部肿胀和疼痛，体温升高，随后封闭。闭合性瘘破裂，脓液排出。瘘管也可排出气体或粪便。同时要保持大便顺畅，不吃辛辣刺激性食物。
一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
肛瘘的病症是属于炎症性的病症，如果不积极的进行治疗，就是需要采用手术的办法进行治疗的，通过手术治疗之后，就可以完全的治好了，不会再反复发作了，去肛肠科进行手术治疗。
肛瘘是肛肠手术中常见的疾病。这种疾病的发生与人们的饮食习惯和饮食结构密切相关。去当地正规医院的肛门直肠外科进行外科治疗。手术后，应该多吃高纤维含量的新鲜蔬菜和水果，不要吃辛辣刺激的食物。
应用结扎法。一般多用丝线结扎，通过结扎，利用紧力，使病变组织逐渐坏死脱落，从而达到治疗目的。保守治疗：保持大便通畅，防止腹泻或便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激。