可以完全康复，但是肛瘘有简单性肛瘘和复杂性肛瘘。有高位肛瘘和低位肛瘘之分，手术的难度也不一样，一般肛瘘手术后需要半个月到三个星期才能愈合，平时要多注意休息，不吃辣的食物。
肛瘘是由内口，外口及瘘道组成的，形成的原因一般是肛腺的炎症，或者脓肿引起的。肛瘘分为低位肛瘘和高位肛瘘。都是需要手术治疗的。低位肛瘘可以直接手术切除瘘道，处理内口和外口，有脓肿的需要切开引流，高位肛瘘为了防止损伤肛门括约肌，需要挂线治疗。平时生活要注意饮食习惯。
肛瘘手术后愈合时间可能需要1个月、2个月甚至更长。所以肛瘘手术后的愈合周期，要视感染范围、创面大小、深浅而定。恢复过程中要重视术后伤口的护理，耐心接受伤口的护理、换药等后续治疗。
肛瘘可以治好，对于肛瘘治疗的原则就是采取手术方法进行治疗。单纯性肛瘘未见症状反复发作，肛瘘处于静止期，可以暂时观察。对于肛瘘反复肿痛、流脓、反复发作，因为肿痛、流脓反复发作可以刺激局部组织增生，反复增生容易造成局部组织恶变的可能性，所以及早采取手术的治疗方法，彻底解决。
肛瘘手术多长时间可以康复也是因人而异的，大多数在2-3周左右是可以完全康复的，术后的护理对于病情的康复发挥积极的作用，在术后还要采取一些防感染措施，饮食上也要做到以流质食品和半流质食物为主。