肛瘘的早期症状疼痛瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
10天-15天可以治愈，冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。
肛瘘的治疗主要是进行手术，保守治疗不能成功，可根据肛瘘具体情况选择挂线疗法、瘘管切开术、肛瘘切除术，从资料来看可能是瘘管切开术，具体情况可咨询手术医生，术后定期换药，去除脓性分泌物，如有必要可应用抗生素药物治疗，忌酒辛辣食物。
治好肛瘘的基本标准就是肛门能正常排便，伤口基本愈合。在伤口愈合期需要注意保持大便通畅，尽量吃流质和软食。对于伤口严重愈合期时间会长一点，建议平日活动量减少，偶尔步行活动，增加肠蠕动即可。术后病人要注意随时监测体温，术后要保持肛门的清洁避免感染，遵医嘱给予一些肛门栓剂，或者每日药物清洗肛门。在术后第一次排便期，会感觉疼痛难耐，属正常现象，若是便秘可以用一些肛门润滑剂。
早期肛瘘可以药物治疗，肛瘘有间歇期和发作期。间歇期会完全没有症状，这时可以不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以采取药物治疗暂时缓解症状。