病人得了肛瘘，可以采用手术治疗，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式来治疗，也可以用痔疮膏来治疗，病人要注意饮食清淡，少食刺激性食物，多喝水，多吃香蕉润肠通便。
据肛瘘内口位置的高低分为低位肛瘘与高位肛瘘，根据肛瘘内口的多少又分为单纯性的肛瘘和复杂性肛瘘，一般对于低位单纯性肛瘘通常可以采用一次性的切除，对于高位肛瘘或者是高位复杂性肛瘘，通常采用肛瘘挂线治疗。
肛瘘通常需要手术，因为如果不治疗很少会自行愈合。常见的手术方法包括：瘘管切开术包括切开瘘管的整个长度，使其愈合成扁平瘢痕。挂线术：将一条外科线放置在瘘管中并放置数周以帮助它愈合，然后再进行进一步的治疗。
肛瘘的治疗一般有肛瘘者没有任何不适的症状，这种可以带瘘生存，肛瘘是瘘管走向分为低位肛瘘和高位肛瘘，又是瘘管的数量分为单纯性和复杂性肛瘘，不同类型的肛瘘治疗方式不一样，一般常用的方式有肛瘘切除，肛瘘挂线或低位肛瘘切除高位挂线等。
出现肛瘘要及时治疗。药物治疗是很重要的方面，比如使用洗剂坐浴或者外涂药膏进行治疗。另外可以使用中药治疗，内服之后会起到较好的疗效。除此之外手术治疗也是重要的方面，比如对于肛瘘发作期合并感染的病人可以切开引流治疗。