尽早进行手术治疗，可以考虑做微创，门诊治疗，治疗后可以正常工作、活动，痛苦小，费用低，饮食方面避免辛辣就可以。属慢性复杂性肛瘘、结核性肛瘘的病人，手术后宜多食既易消化而又富有营养的食品，尤其是含丰富蛋白质的食物，如鸡、鸭、牛肉、鸡蛋、牛奶、豆浆等。
肛瘘的主要临床治疗是手术。可以采用挂线疗法或瘘管切开术和瘘管切除术。术后应注意保持排便通畅，防止便秘。应该吃新鲜蔬菜和水果，而不是太辣太油腻的食物，并且需要更多的锻炼来提高身体的免疫力。
应保持肛门部清洁，久坐后应间断站起来走走，要保持大便通畅。平时饮食要清淡，不要吃一些辛辣刺激的食物，不要酗酒，熬夜和抽烟。避免粗糙干硬的粪便对伤口的刺激，减轻疼痛可多食一些高蛋白、富有营养的食物，如吃一些紫菜、海带等。
肛瘘手术之后，需要注意肛门周围的卫生，会经常有分泌物，注意不要便秘，不要闹肚子，饮食清淡一些，避免胃肠负担大形成便秘，也不要吃刺激性食物避免导致拉肚子，大便之后用湿巾擦一擦。
要养成良好的习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。当感觉肛门灼热不适，以及肛门下坠者：要及时查清原因，及时治疗。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃，应多吃清淡含丰富维生素的食物，如绿豆，萝卜，冬瓜等新鲜蔬菜，水果，对经久不愈的肛瘘多为虚证，饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉，牛肉，蘑菇等。
肛瘘术后可能发生尿潴留，要锻炼排尿功能。手术后要每天换药，按时拆线，保持伤口清洁，避免伤口周围积脓影响恢复，导致伤口感染，不能愈合。尽量每天清洗肛门，更换内裤。手术之后要少活动，多休息。